Beberapa kelainan pada sistem kekebalan tubuh adalah sebagai berikut .
a. AIDS (Acquired Immuno Deficiency Syndrome)
AIDS adalah suatu penyakit yang di sebabkan oleh HIV (Human Immuno deficiency Virus). Penyakit ini mulai di kenal pada awal tahun 1980, menyebabkan terjadinya penurunan kekebalan tubuh (imunitas) pada seseorang yang sebelumnya memiliki kekebalan tubuh yang normal . Semua penderita AIDS akan menunjukan respons imunitas yang menurun baik terhadap antigen baru maupun antigen lama.
b. Penyakit Infeksi Karena Imunitas pada Anak
Ada tujuh macam infeksi pada anak-anak yang dapat menyebabkan kematian atau cacat meskipun sebagian anak dapat bertahan dan menjadi kebal. Ketujuh penyakit tersebut adalah polio, meilitis, campak, difteri, pertusis, tetanus, TBC, dan hepatitis-B.
c. Penyakit Infeksi Karena Imunitas pada Ibu Hamil
Beberapa penyakit infeksi pada ibu hamil adalah campak, kolera, tifus, pneumonia, rubela, malaria, gonore, dan sifilis. Penyakit-penyakit tersebut dapat di cegah dengan memberikan imunisasi.
d. Alergi (Hipersensitif)
Alergi adalah suatu reaksi antigen (alergen) dengan antibodi ataupun dengan sel-T yang berlebihan sehingga menimbulkan gejala sakit dan kerusakan pada sel tubuh. Beberapa contoh alergen adalah makanan tertentu, serbuk sari, dan tebu.
e. Transplantasi
Transplantasi adalah pemindahan suatu organ atau jaringan yang hidup dari seseorang ke orang lainny dengan tujuan untuk menggantikan suatu organ yang rusak atau menggantikan sel atau jaringan yang hilang. Contohnya transplantasi jantung, ginjal, dan transfusi darah.
Kendala terbesar pada transplantasi ternyata bukan pada teknik pembedahannya tetapi pada reaksi penolakannya. Reaksi penolakan ialah suatu reaksi imunitas, baik humoral maupun seluler dari penerima (resipien) terhadap jaringn atu organ transplantasi sehingga mengakibatkan terjadinya kerusakan atau tidak berfungsinya jaringan atau organ transplantasi tersebut.
f. Autoimunitas
Autoimunitas adalah suatu kelainan di mana sistem kekebalan tubuh menyerang jaringan tubuh sendiri. Contoh penyakitnya adalah penyakit lupus, penyakit Addison kelenjar adrenal, dan anemia pernisiosa.
