Indonesia terletak di daerah tropis. Indonesia termasuk dalam kawasan megabiodiversitas karena memiliki keanekaragaman hayati yang sangat tinggi. Keunikan keanekaragaman hayati di Indonesia adalah sebagai berikut.
a. Termasuk daerah fitogeografi Malesiana (meliputi Indonesia, Malaysia, Filipina, Papua New Guini, dan Kepulauan Solomon), tetapi komposisi spesies di wilayah barat berbeda dengan wilayah timur. Flora Indonesia bagian barat sama dengan Indo-Malaysia, yaitu didominasi oleh Dipterocarpaceae (kamper, keruing, dan meranti). Flora Indonesia bagian timur mirip dengan Australia bagian utara, didominasi oleh eukaliptus.
b. Memiliki fauna bertipe Asia, Australia, dan peralihan antara Asia dan Australia. Hal tersebut terjadi karena Indonesia memiliki dua wilayah biogeografi (zoogeografi), yaitu Orientasi (Asia) dan Australia.
- Wilayah orientasi meliputi Sumatra, Jawa, Bali, dan Kalimantan. Fauna khasnya mamalia berplasenta dan berukuran besar (harimau, gajah, dan orangutan).
- Wilayah Australia meliputi Papua, Maluku, Sulawesi, dan Nusa Tenggara, Fauna khasnya, mamalia berkantong (kanguru) dan beragam jenis burung (cendrawasih, kakatua, dan nuri).
Garis maya membatasi wilayah orientalis dan Australis disebut garis Wallace (sesuai dengan nama penemunya, yaitu Alfred Russel Wallace). Garis Wallace membentang dari Selat Lombok ke utara melewati Selat Makassar. Daerah peralihan antara wilayah Australia dan Orientalis disebut wilayah Wallacea. Garis batas wilayah Wallacea adalah garis Wallace dan garis Weber. Garis weber ditemukan Max Weber, terletak di sebelah timur Sulawesi yang membentang hingga ke Kepulauan Aru. Faunanya merupakan peralihan antara fauna Asia dan fauna Australia, misalnya komodo, anoa, babirusa, dan burung maleo.
c. Memiliki banyak flora dan fauna endemik (yang memiliki daerah persebaran terbatas).
- Fauna endemik: komodo (P. Komodo), badak bercula 1 (Ujung Kulon), serta musang Sulawesi, tersius, babi rusa, beruang madu, dan burung maleo (P. Sulawesi).
- Flora endemik: bunga bangkai raksasa (Rafflesia Arnoldi) (Bengkulu dan Jambi) serta matoa dan ratu sulur permata hijau (Papua).
d. Indonesia memiliki flora dan fauna langka yang terdaftar di badan konservasi dunia International Union for Conservation of Nature Resources (IUCN). Contoh hewan langka adalah badak sumatra, elang jawa, penyu hijau. Contoh tumbuhan cenderawasih, dan ular sanca hijau. Contoh tumbuhan langka adalah matoa, gandaria, keluwek, dan sawo kecik.
